Les habitants de l'arche ont réussi à atteindre la Terre, mais le chancelier Jaha a été contraint de rester dans l'espace pour diriger leur vaisseau à distance. Quant aux adolescents qui ont survécu, ils ont tous été transportés au Mont Weather, où vivent des dizaines de personnes pour qui il est impossible de sortir. S'ils semblent amicaux, Clarke comprend rapidement que quelque chose cloche et s'enfuit. Pour libérer les adolescents du Mont Weather, une alliance entre les Natifs et les habitants de l'Arche sera nécessaire...
Cette seconde saison reprend exactement là où s'est terminé la première. Avec une partie des survivants au Mont Weather, les habitants de l'Arche qui ont atterrit un peu partout, on est sans nouvelles de Bellamy et Finn, Octavia est partie avec Lincoln, quand à Jaha, il est seul dans ce qui reste de l'Arche.
Bien que se présentant comme des gens bien ne cherchant qu'à aider, les habitants du Mont Weather ne sont pas aussi charmants qu'il n'y paraissent et pourraient bien être plus dangereux que les Natifs. Il faudra à Clarke et ses amis faire preuve de beaucoup d'ingéniosité pour arriver à se sortir des nouveaux périples qui les attendent dans cette saison.
Cette seconde saison est porté par le même casting que la première auquel viennent s'ajouter Raymond J. Barry ("Flubber", le papa de Jack dans "Lost"), Johnny Whitworth ("Blindspot") pour le Mont Weather, Adina Porter ("True Blood") et Alycia Debnam-Carey ("Fear the Walking Dead") pour les Natifs.
A noter qu'un des points forts de cette saison est l'évolution du personnage d'Octavia qui passe du pauvre petit personnage féminin superficiel et sans défense à celui de guerrière qui se bat pour ses idées et qui n'a besoin de personne pour s'en sortir. Avec Bellamy et Kane il s'agit des trois personnages ayant le plus évoluer, grandis et mûris depuis le premier épisode et certains personnages feraient bien de prendre exemple sur eux. De plus, la dynamique qui commence à se développer entre Clarke et Lexa représente une autre facette très intéressante de cette saison.